El estilo arquitectónico del edificio es predominantemente neoclásico. La sobriedad de sus fachadas presenta una gran cantidad de vanos de ventanas con remates sobre los dinteles que alternan tímpanos y arcos rebajados.

Se considera que en 1780, ya estaba terminado el lienzo del poniente y la Universidad realizaba sus labores en él. Aunque la construcción era muy pobre y de mala calidad contrastando con los muros y bóvedas que se aprecian en la actualidad

La primera construcción fue de tapia no durable, cubierta de artesón de madera y teja, posiblemente por la escasez de fondos que atravesaba la Universidad, pues sus rentas se mermaron a consecuencia del terremoto de 1773 y su traslado a la nueva localidad.

Esto motiva que recién inaugurado y aún sin terminar el lienzo poniente, ya el lienzo sur se encontraba en mal estado en 1785.

En una solicitud realizada por el Deán González Batres para el traslado de la fachada del Edificio que ocupara la Universidad en la Antigua Guatemala, don Lorenzo de Montúfar le sugiere en su lugar la del Cuño o Casa de la Moneda, la solicitud está  fechada el 9 de noviembre de 1,797 (3).

A la muerte de González Batres, le sustituye en 1807 el Doctor Don Bernardo Pavón, llevándose a cabo en su época las construcciones definitivas que vemos en la actualidad, concluyéndose en 1851.

Años más tarde se continúa implementando mejoras al edificio, mencionándose el cambio del techo del Salón General Mayor y la colocación de la cubierta con bóveda de mampostería a los corredores del Claustro.

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